公立医院收入主要有以下几个部分：医疗服务收入、检查收入、药品耗材收入、财政补贴。显然，破除“以药补医”实现“医药分开”，指的是药品收益不再是医院补偿资金来源。政策意图显然不是用检查收入和耗材收入替代药品收入，那剩下的补偿资金来源就只有增加医疗服务收入和增加财政补贴了。通过增加财政补贴来消除“以药补医”是过去三年基层医改的思路，基本药物零差价制度就是这个思路，但是这个做法并不成功，部分原因是地方政府没有意愿也没有能力增加财政补贴，根本原因则是财政养医导致论资排辈的平均主义大锅饭分配制度，显著降低了医务人员的工作积极性，加剧了城乡居民的“看病难”困境。
体制弊病
新的县级公立医院改革方案不再要求由财政来负责医务人员的薪酬。由此，破除“以药补医”，就需要配套以提高医疗服务价格和改革医保付费方式。浙江遂昌等六县市的公立医院改革和北京友谊医院的改革试点均是这个思路，随后起步的深圳公立医院改革也是同样的思路。目前三地改革所谓的“医药分开”均指的是取消15%的药品加成，三地也各自以不同幅度提高了医疗服务价格，其中以北京友谊医院提高幅度最大，普通挂号费由5元提高到42元。按照北京相关部门的说法，医疗服务价格上涨部分带来的医院收入增加，基本弥补取消15%药品加成导致的医院药品收益损失。通过提高医疗服务价格来降低药品费用，这个改革方向是正确的。但是仅仅取消药品加成，并没有触及到药品返利和回扣，因此并没有真正破除“以药补医”体制，也不可能实现医药分开，而医疗服务价格提高幅度也不足以实现“以医养医”。
由于三地公立医院改革尚未触及药品返利和回扣部分，取消药品加成带来的医院利润损失通过提高医疗服务价格得以弥补，医院总体收入水平和名义上的盈利水平（不计人工成本）也没有变化。因此，尚未实质性影响医院内部收入分配。
显然，改革不能就此止步，否则破除“以药补医”就成为一句空话。若要真正破除“以药补医”，还需要进一步提高医疗服务价格，同时继续挤压医院的买药收益，最终一方面消除药品返利和回扣，一方面达到医疗服务收费足以养医的水平。大致说来，按照目前的水平，医院的药品收入大致还应挤压掉40%左右（15%+返利+回扣）的水平，这才能真正做到破除“以药补医”。与此同时，总体上医院的医疗服务收费要大致翻一番左右，从而保证医院和医生的收入水平不会下降，真正实现“以医养医”。
需要指出的是，医院这种收入结构的调整，并不会增加患者和医保的经济负担。
医院收入的这种“平移”意味着公立医院收入结构的根本性变化，意味着公立医院收入开始走向规范化和透明化，问题是医务人员收入部分能否同样走向规范化和透明化？
这开始触及到公立主导体制带来的国有事业单位体制弊病。首先，公立医院收入分配水平能否突破现行国有事业单位财务制度约束？能否“提高医院人员经费支出占业务支出的比例”？挤掉医院的药品返利和回扣部分，同时通过提高医疗服务收费补齐这部分收入，表面看仅是收入平移，但实质却是医院可以用于员工个人分配的业务收入的显性化。
具体说，尽管过去返利和回扣部分也会形成员工收入，但这部分收入在财务报表上却体现为药品采购成本，而不是可分配收入。因此，尽管实际上医院总收入中有50%左右形成了员工收入（包括回扣和部分返利），但医院财务报表所呈现出来的“人员经费支出”并没有超出政府规定的上限。现在通过挤压回扣和返利降低了名义药品采购成本，同时通过提高医疗服务价格增加了医院账面上的可分配收入，问题是这显性化透明化的可分配收入能否真正透明规范地分配到医务人员手中？如果不能，意味着医生的收入显著降低，这显然不合理，也会因为医务人员的强烈抵制而使这一改革夭折。
进一步的问题是，公立医院能否真正获得收入分配自主权和必须与之配套的用人自主权，以建立规范透明的“多劳多得，优绩优酬”制度，将目前通过回扣和红包形式形成的医生之间的收入差距透明化和规范化？换句话说，将目前这种由患者给红包和医药代表给回扣的收入分配形式彻底消除，完全改成由院长给医生发绩效工资的形式，同时公开透明地拉开医生和公务员、教师等国有单位职工之间的收入差距，公开透明地拉开医生之间的收入差距、拉开医生和医院内部行政人员之间的收入差距，能不能这样做？答案是：不能。原因很简单，公立医院不可能获得包括辞退权在内的用人自主权。在不能辞退员工的情况下，由医院管理层确定的收入分配方案也就不可能真正做到“多劳多得、优绩优酬”。问题是，如果医院的实际收入分配走向了论资排辈的平均主义大锅饭制度，医院如何保证效率？医生又如何可能支持上述改革？
医保困境
基于同样的道理，医保付费机制改革也会遭遇类似困境。总额预付、DRGs、按人头付费等新型医保付费方式的基本原理是，在保持医院总收入水平不下降的条件下激励医院及其医生尽可能减少不必要的浪费，控制医疗成本。显然，医院及其医生之所以有积极性这样做，激励来自于节约成本带来的盈余增加可以用于增加医生个人收入。
逻辑上讲，如果通过降低药品费用和检查费用节约下来的医保费用全部分配给医生，公立医院及其医生完全有能力把目前的药品（耗材）费用降低一半，从而在患者和医保负担丝毫不增加的情况下，把医院可用于员工收入分配的财务盈余翻一番。问题是，这些由于医生努力降低成本增加的盈余可以全部分配给医务人员吗？从而使得医生公开的收入水平显著超过公务员和教师？同时在医院内部按照“多劳多得、优绩优酬”原则形成公开透明的收入差距？如果答案是不能，那随之而来的问题是，医生为什么要以牺牲自己的回扣收入为代价（医院则以牺牲返利为代价）来降低药品和耗材费用呢？如果医生和医院没有降低医药成本的动力，新型医保付费方式改革又有什么意义？
也就是说，新型医保付费方式有效发挥作用，有赖于公立医院收入分配制度的改革，这同样面临前述医疗服务价格提高带来的一系列问题。
机制拷问
更进一步的问题是，作为任期有限的公立单位负责人，如果真的赋予其用人自主权和收入分配自主权，公立医院院长很可能不是按照优胜劣汰原则选聘和辞退职工，也不是按照“多劳多得、优绩优酬”原则进行收入分配，更有可能是按照下面两种方式中的一种来行事，或者混同使用：一种是按照“拉帮结派、徇私舞弊”原则用人和分配；一种是按照“减轻自己管理强度和工作麻烦、不得罪人”的和稀泥和平均主义大锅饭方式用人和分配。在这种情况下，医院和医生何来积极性挤压自己的返利和回扣收入？何来积极性控制医疗成本？“以药补医”又如何破除得了？
这涉及到了更深入一步的问题：如何形成符合市场经济体制要求的公立医院管理层选拔任命机制和激励约束机制？这也就是如何建立和完善公立医院法人治理机制的问题。
上述问题最后都归结为一个问题，我们能够在公立医院垄断医疗服务供给的条件下完成上面的改革吗？换一种问法，维持公立医院主导医疗服务供给的体制，维持绝大多数医生都是国有事业单位职工的体制，破除“以药补医”如何可能？
通过挤压回扣和返利降低名义药品采购成本，同时通过提高医疗服务价格增加医院账面上的可分配收入，这显性化透明化的可分配收入能否真正透明规范地分配到医务人员手中？如果不能，意味着医生的收入显著降低，这显然不合理，也会因为医务人员的强烈抵制而使这一改革夭折。