在推进医保付费方式改革的进程中，还有一些中国独有的超越于医保管理部门的体制障碍。若对这些问题认识不清，自然难以有效地推进医保付费方式改革。这类主要由于不同的政府机构在新医改中的定位和职能不清所产生的问题，制约了医保付费方式改革的进程，需要各方予以重视。以下笔者对其中主要的问题进行分析。
医药价格制定应市场化
市场化的医药购买机制与医药价格的行政管制相冲突。
目前，政府对绝大多数医疗服务项目和药品，实行行政定价制度。针对不同的医疗服务项目和药品，行政定价的权力由不同层级政府的物价管理部门所掌握。现行的行政定价制度，可以概括为“按项目定价”，以及对医疗服务、器械、耗材和药品分别制定价格。
“按项目定价”与“按项目付费”是相对应的。现实情况是，所有的公立医疗机构和民营非营利性医疗机构在项目选择上虽然有自主权，但是绝大多数项目(每一种药品也视为一个项目)的价格都必须执行政府确定的标准。民办营利性医疗机构虽然可以自主定价，但是如果它们不执行政府定价，就不能成为医保定点机构。
对此，医保机构提出实行新的付费机制，即打包付费。这意味着只要在一定时期(一般是一年)医疗机构所服务的众多患者的平均费用没有超过打包付费的标准，就是合规的。但是，依照物价、卫生和医保部门的联合规定，医疗机构必须给每一个患者打印出账单，而且必须“按项目打印账单”(俗称“明细”)。这样一来，有些患者账单上的金额会超过付费金额，有些则没有超过。前一类患者自然高兴，后一类患者或许会很不满。患者希望价格越低越好，医保机构希望尽量把价格压低，而医院就一直在抱怨医保机构给的钱少。这不是“打包付费”制度不好，而是由于医药价格由物价部门定，与买卖双方没有关系，在此制度下，“打包付费”就没办法做好了。
因此说，医保付费改革并不只是医保管理部门的事情，也是包括物价部门在内的众多政府机构共同的职责。
谈判机制要制度化
谈判机制的非制度化，导致医保机构与医疗机构相互扯皮。
既然新医保付费机制就是“打包付费”，其付费标准(即俗称“打包价”)制定的合理与否也就至关重要了。由于经济发展水平及消费水平不一，全国各地的医疗服务平均费用也不一，因此新医保付费模式中的付费标准不可能全国“一刀切”。这意味着医保付费方式改革必定要经历一个地方化的过程。况且，医保机构与医疗机构之间是一种契约化的市场关系，而市场关系的建立离不开谈判机制的制度化，这是显而易见的道理。实际上，在任何国家和地区，医保付费方式的完善都是医保机构与医疗机构之间“重复博弈”的过程，至少需要经过两三年乃至更长的时间才能实现博弈的均衡，不可能在短期内一蹴而就。
实际上，关于医保机构与医疗机构建立谈判机制的内容，已经写入了新医改方案的第十一条，但是如何落实成为一个新问题。谈判机制的建立，必定包括如下三个方面：(1)谈判主体：也就是谁和谁谈判；(2)谈判内容；(3)谈判的组织。
谈判的双方比较容易确定：一方即付费方自然是各地医保机构；而另一方即为医疗机构，因其数量众多，最好的谈判主体应是医疗机构行业协会。令人遗憾的是，无论是医疗机构还是现有的医疗机构行业协会，都没有意识到确立谈判主体的重要性，而目前通行的格局是医疗机构停留在与医保机构一对一的讨价还价、扯皮、公关上。
就谈判内容而言，有些地方的医保机构抱怨没什么好谈的，因为医药价格都是物价部门定好的。这种抱怨令人不解。实际上，“打包付费”的标准就是谈判的核心内容，这已经无需赘言。另外一个重要的谈判内容是监督体系的建立。为了确保医疗机构在新医保付费机制下为参保者提供质量有保证的服务，医保机构必须针对医疗机构的服务行为建立一套监测指标，并根据其对指标的执行情况在来年对付费标准进行调整，或者在当年对医疗机构进行奖惩，甚至在某些情况下还必须祭出取消定点资格这样的“狼牙棒”措施。监测指标的选择以及适时调整，监测数据的采取途径，监测指标的使用方式等，都应该成为医保机构与医疗机构的谈判内容。
在谈判的组织方面，任何谈判都需要中立的中介者。实际上，物价局就是扮演这一角色的最佳候选。物价局以适当的身份介入谈判，不仅可以扮演协调者的角色，而且还可以积极主动地推动价格管理体制的改革。