2013年北京市提高新农合筹资标准到不低于680元/人，增长的40元全部由政府予以补助。截至2013年9月底，我市人均实际筹资761元/人，其中政府补助16.2亿，占总筹资的83.1%，参合人口254.27万人，农业人口参合率98.07%，参合率继续维持在96%以上。基金使用方面，前三季度，基金共计支出16.36亿，占已筹集资金的83.9%，其中住院补偿11.1亿，门诊补偿4.49亿，住院分娩、特殊病种大额门诊等其它支出0.77亿。15类重大疾病共计支出2.8亿元。
加强与医疗服务体系改革的统筹协调。为进一步提高新农合基金使用效益，控制医药费用不合理上涨，逐步引导居民到基层首诊，促进基层医务人员由“管疾病”向“管健康”意识的转变，按照统筹推进医改的思路，将医疗保障制度改革与医疗服务体系改革紧密结合起来，北京市卫生局出台了《北京市卫生局关于北京市区县新型农村合作医疗综合支付方式改革试点工作的指导意见》，并选择平谷区为此次改革的试点区。改革主要内容包括：一是结合家庭医生式服务以及对现有绩效工资的调整，在社区卫生服务机构开展按人头付费；二是对短期危急重症住院，采用按疾病分组（DRGs）付费方式；三是对长期住院患者，采用按床日付费方式。目前，试点工作已经全面启动。北京市卫生局重点做好各项数据指标的监测工作，对此项改革工作进行全方位评价，总结经验做法，完善政策，逐步推广。北京市卫生局还研究制定三级医疗机构做好新型农村合作医疗有关政策措施，进一步加强对新农合定点医疗机构的监督管理。对村卫生室纳入新农合定点开展政策研究。
试点商业保险参与新农合经办。2011年，我市在平谷区开展将商业保险引入新农合经办试点，采取“共保联办”（即政府负责筹资，费用报销、单据审核等具体经办工作由区县新农合经办机构与商业保险机构共同负责，同时政府有关部门负责对商业保险机构经办工作进行监督，基金超支风险由政府和商保机构共担）的方式，共同开展新农合经办管理工作。2013年，密云县、门头沟区也按照“共保联办”的模式与有关商业保险机构进行了签约合作。北京市卫生局将进一步总结“共保联办”模式取得的工作成效和好的经验做法，完善有关政策措施，开展交流学习，鼓励区县对商业保险参与新农合经办进行探索和尝试。
2014年我市将继续完善新农合制度。巩固参合率在95%以上。根据新农合基金运行情况，进一步提高新农合筹资标准，普遍提高农村居民医疗保障水平；继续落实十五类重大疾病保障政策，确保政策范围内住院补偿比例达到75%；按照6部门联合下发的《关于印发北京市城乡居民大病保险试行办法的通知》要求，做好参合人员大病保险工作，切实提高农村居民大病保障水平。规范基金监管措施，健全监管机制，加强对基金运行情况的分析和监控，做好参合人员基础信息与费用核查工作。继续加强与医疗服务体系改革的统筹力度，推动以短期住院按照DRGs管理,长期住院按床日付费,门诊结合基层医疗机构激励机制采用按人头付费的新农合综合支付方式改革试点，同时开展试点评估，为完善政策措施提供科学依据。加强基金、定点医疗机构监管和规范医疗服务行为。继续推广商业保险机构参与新农合经办。