在内地出现失效疫苗新闻后，不少妈妈们都宁愿舍近求远到香港注射疫苗，网上更充 斥着各种赴港接种疫苗的攻略，然而，香港卫生署在3月30日突然叫停非香港本地儿童注射疫苗预约，从下月开始，全港母婴健康院每月只有120个名额可供非 香港儿童预约接种疫苗，而由于香港本地儿童已经很大需求，部分母婴健康院可以即时停止预约服务。
香港卫生署在记者发布会上称，香港政府的母婴健康院将从下月1日起，全面实施非符合资格儿童接种疫苗的配额制，每月配额是120个，有需要时甚至会 全面停止不合资格人士的接种预约服务。根据香港卫生署网站，香港共有31间母婴健康院，意味着每间母婴健康院只有不到4个配额。
香港卫生署助理署长李敏碧称，有需要时，会调整限额，或全面停止接收非符合资格儿童新症。香港卫生署称，香港政府母婴健康院上星期起的接种疫苗预约突然增多，部分健康院的预约已经排到5月，由于要优先服务香港本地的儿童，因此即时停止接收非符合资格儿童新症预约。
香港家庭医生朱伟星告诉《第一财经日报》，在内地爆发失效疫苗新闻后，诊所的咨询量突然增加一倍，不少担心的家长都询问是否能在香港接种，不过实际到香港接种的儿童并没有成倍增加，目前诊所的儿童相关疫苗货源都比较充足。
而香港卫生署早前称，“香港儿童免疫接种计划”范畴内的疫苗都没有出现短缺，将确保为香港合资格儿童提供这些疫苗，而非符合资格人士只能在服务有余额时使用非紧急公营医疗服务，且需自费购买。
朱伟星认为，目前香港保障本地儿童的措施是迟来的政策，因为很少有政府会采用公共资源去配合
不过，如果私立医院能够提供相应服务也算合理。
有市场人士则认为，香港人口基数比较固定，但是内地儿童数量庞大，一旦都涌入香港接种疫苗，药厂将很难估计实际的供货量，最终导致跟香港本地儿童买不到奶粉的局面一样，如果不实施政策，即便是私立医院或诊所，都可能会出现供货不足的情况。
一名曾经由珠海到香港为孩子接种疫苗的妈妈对记者称，去年下半年孩子要在香港接种“六合一”疫苗（白喉、破伤风、百日咳、小儿麻痹及乙型流感嗜血杆 菌），找了十几家私家诊所都找不到有诊所有存货，而香港的私立医院也称，会优先把疫苗留给在该医院出生的儿童，说明“疫苗荒”情况确实存在。
针对这种情况，生产“六合一”疫苗的主要厂商葛兰素史克（GSK）发言人曾经对《第一财经日报》称，去年下半年，有关疫苗供应受到影响，主要原因是公司在生产的质素监控上作出提升，加上全球对该疫苗对需求亦有所增加所致，公司预计有关疫苗的供应会在今年第一季度逐步恢复。
而记者在咨询多家诊所后，发现“六合一”疫苗的供货问题确实在第一季度有所缓解，但是有业内人士称，随着疫苗中介的增多，越来越多内地儿童有更便捷的途径到香港接种疫苗，香港私立医疗资源的应对能力也将受到挑战。