医药流通行业连接着上游医药生产企业和下游零售终端，起着承上启下的重要作用，也是质量管控的重要环节。医药流通企业从上游医药生产企业采购药品，再批发给下游的医院、药店等终端，在整个医药供应链中承担着信息流、物流、资金流的枢纽作用。
具体讲来，医药流通企业承担货物的集散、配送和渠道库存作用，同时承担医院到厂家这一过程中的资金垫付功能(解决生产企业应收账款，保障其现金流)。
医药流通企业的下游信息传导作用，不仅帮助上游医药制造企业实现“以销定产”的物料生产计划，还能实现医疗终端市场的信息收集和反馈。
截至2015年11月底，全国共有药品批发企业13，508家。从市场占有率来看，前100位药品批发企业主管业务收入占同期全国医药市场总规模的68.9%，比上年提高3.0个百分点。其中前3位药品批发企业占33.5%，比上年提高2.9个百分点；前50位企业占63.1%，比去年提高3.1个百分点；主营业务收入在100亿元以上的药品批发企业占同期全国医药市场总规模的51.7%，比上年提高2.9个百分点。数据显示，药品批发企业集中度进一步提高，在市场上占有一定规模的药品批发企业的经营能力、运营能力和管理能力都得到有效提升。
被淘汰者：
小型流通企业面临倒闭
不论是“两票制”还是“营改增”，最终目的只有两个：第一，压缩流通环节，降低药品价格；第二，国家通过严格的金税手段加大对偷税、洗钱、商业贿赂等一系列灰色空间的监管，提高流通企业成本，以净化商业环境。
事实上，在严格新政下，不难预料将引发医药流通企业的集聚整合，未来会有越来越多的医药流通企业面临因业务减少、合规检查吊销执照，部分面临被收购、转型或者淘汰。长远来看，无疑提高行业集中度，并净化了经营环境。这与国家最近下发讨论的“全国药品流通行业发展十三五规划纲要(征求意见稿)”行业整体发展指标相一致。
“两票制”实施使得医药供应链渠道扁平化。加上实施“营改增”，对年应税销售额小于五百万元的小规模纳税人企业在抵扣进项税点、税额方面做了明确限制，计税方式和处理税务成本均高于一般纳税人，将使其市场竞争力大大削弱，从而影响其业务发展。
整体压力：
利润空间进一步受到挤压
从目前部分省份推行“两票制”的态度以及第一票界定来看是各有不同，对于大型药品流通企业，集团内调拨是否算作一票关乎全国性分销业务是否发生断崖式萎缩的风险。那时，传统的大型医药流通企业(国药控股、华润医药、九州通等)拥有的全国性调拨业务将会萎缩甚至面临转型，而转向招标品种(医保支付)以外药品全国商业调拨，或转战零售市场或者民营医院。对于早期介入分销办零售、发展“批零一体化”业务的医药商业公司而言，就变成了新的业务增长点。然而，相比于以往全品种大分销业务而言，销售额同期差异将史无前例。
此外，随着两大新政的推行，特别是“营改增”政策的实施，对于最上游的医药原材料供应商而言，各项费用严格计入税控系统，使其经营成本增加，势必相应提高原材料销售价格；下游最大终端医疗机构的压力则来自逐步实施药品“零加成”所减少的纯利。供应链上下游压力传导，将迫使中间医药流通企业微薄的利润空间进一步受到挤压。由此，医药流通企业面临市场的严酷考验。
升级机遇：
推动一体化供应链管控
随着“两票制”的到来，不论是进口品种还是国产品种，更倾向于与大型医药流通企业合作，主要原因是：大型医药流通企业有强大的资金垫付能力，可保障上游药企应收账款；具备符合GSP规范仓储、配送和终端网络覆盖；有强大的商务和销售团队支持保障药品的渠道管理。
危机与机遇并存——借助“两票制”可实现医药流通企业全国/区域(省内)一体化运营的供应链管控目标。
“两票制”界定之争
根据目前各省研讨会和征求意见稿，关于“两票制”定性问题主要集中在：进口品种全国代理认定(根据福建省、江苏省意见稿认定，本文预定为生产商不算作一票)；制药企业经销商认定；集团内商业调拨认定；偏远地区是否允许三票；托管医院的认定等。
有消息称，国医改办函最近下发《在公立医疗机构药品集中采购中推行“两票制”的实施意见(试行)》文件(即“100号文”)指出：药品流通集团型企业内部向全资或控股子公司调拨药品可不视为一票，但最多允许开一次发票，且加价须控制在一定范围内。另外，药品流通企业为偏远、交通不便利的乡(镇)、村医疗卫生机构配送药品，允许在“两票制”基础上再开一次药品购销发票。
不论后期具体实施条例发布是否有变，我们姑且以中央最初发文态度严格界定“两票制”。假定医药流通企业集团内部调拨算作一票，以进口品种、国产品种两个维度分析“两票制”下商业公司集团内部可选经营架构来分析。(具体见图1、图2)。
由于进口品种全国代理认定为生产商，那么医药流通环节第一票开据的起点将从进口总代理(分销)开始。可以发现，在图1的情况下，全国分销集团内调拨其实等同于外部商业调拨。此时，大型流通企业集团内调拨可选择开据的第一票，要么是省级公司(二级公司)，要么直接销给地市级公司(三级公司)。
对于没有自建销售队伍的国内制药企业，第一票的开据就有三种选择。然而不论是进口品种还是国产品种，第一票选择结果的最大区别归纳为两个：上游制药企业在商业公司开户数；税收上缴的当地主管部门不同。
全国一体化平台的必然性
从供应链集成资源优化配置方面看，上游工业倾向于与一家网络覆盖广、资金充裕的大型流通企业合作。具备这样资源的全国性流通代表企业(国药控股、华润医药、九州通、上海医药等)将首先获得上游制药企业的青睐。
众所周知，现代供应链理念追求渠道扁平化、信息传递的高保真、服务高效节能。因此，需要供应链上下游的信息高度共享，并且要打破仓储配送物流格局实现供应链总成本的最低化。
然而，医药有其特殊属性加上历史因素，药品供应链一直处于相对原始的封闭模式。
“两票制”以前，由于各省市区域间政策和地方保护等因素，造成医药流通企业无法打破区域限制实现全国供应链一体化。全国性医药流通企业(国药控股、华润医药、九州通)一直在打造省内一体化运营平台。
而“两票制”的到来使得流通环境发生了变化，全国性医药流通企业将面临抉择——第一票开据给全国性分销平台还是各省级分销平台？
从供应链采、销、存一体化管控的目标来看，终极目标一定是实现供应链业务平台全国一体化。这样不仅可以借助各省招标采购平台的带量数据及历史销售记录实现采购计划的精准测算做到“以销定采”，而且还能为上游医药制造企业制定生产计划提供更为准确的参考做到“以销定产”的精确计划。
在当前医药流通市场环境下，如何进行选择是个战略性选择。笔者认为，其选择标准一定是结果导向，即通过两种方案的反复推演测算出二者的固定成本和边际收益。然而，不管是何种选择，最终目的都是为了形成集中统一的上下游管理体制、科学合规的采、销、存过程管控。