9月12日，复旦复华发布公告，其子公司上海复旦复华药业有限公司于2016年9月9日收到上海市国家税务局第一稽查局发出的沪国税一稽罚告[2016]1005号《税务行政处罚事项告知书》和上海市地方税务局第一稽查局发出的沪地税一稽罚告[2016]10021号《税务行政处罚事项告知书》。
E药经理人根据两份告知书统计，沪国税一稽罚告称，根据《中华人民共和国税收征收管理法》，拟对复旦复华子公司应补缴的增值税、城市维护建设税税款1倍的罚款，共计1.48亿元；而上海市地方税务局第一稽查局则拟对其罚款1.19亿元。两者共计2.67亿元。
为何罚款？
对于此次罚款，在国税方面，两部分内容涉及虚开发票。上海市国家税务局第一稽查局称，上海复旦复华公司在2012年7月~2014年11月期间，收受国生基地虚开的增值税专用发票1408份，货物品名为日本产谷胱甘肽原料，数量45500公斤，金额为8.14亿元，税额1.38亿元。另外，该公司于2012~2015年期间，收受上海奇泓企业管理咨询事务所等7家公司虚开的增值税发票共计468份，金额0.37亿元，税额222万元。
而上海市地税局对其的出发则出自三个方面，前两个原因与国税局出局的一样，只是较国税局多出一笔，告知书称，复旦复华药业于2009年~2012年期间，收受上海奇泓企业管理咨事务所等10家公司虚开的普通发票共计505份，金额0.68亿元。
上海国税局和上海市地税局对于复旦复华药业的税收违法行为拟于2016年10月17日之前作出行政处罚决定，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八条、《中华人民共和国行政处罚法》第十三条规定，作出总计2.67亿元的罚款。
而复旦复华则表示，上海复旦复华药业将就此进行陈述、申辩，提出听证申请和申诉。据了解，2015年复旦复华的营收为7.18亿元，净利润为0.36亿元，如果其接受此次处罚，那么势必会对其2016年的业绩造成巨大的打击。
两票制下的财税处理能力挑战
自今年以来，营改增实施，两票制推行，让整个医药工业的营销模式，还是流通企业的销售，都发生了可谓翻天覆地的变化。
复旦复华药业的虚开发票路数，在很多行业人看来，这简直就是行业公开的秘密。有行业人就此对E药经理人表示，如果税务机关去查，估计有不少企业怕是要遭殃了。
如果细究来，复旦复华是营改增后，第一家被揪出来的医药企业，而且罚款金额之大，也是今年以来医药领域最大的一项。
另一方面，两票制开始推行，对医药产业链各个环节产生深远影响。两票制下，低开票的生产企业需要转变销售模式，其实对企业的财税处理能力提出的挑战是极大的。对于复旦复华而言，其与管理咨询公司的合作模式，在种在医药行业盛行多年的走票模式，当下成为打击的重大对象。
从目前的情况来看，虽然复旦复华的虚开发票违法行为属于被曝出的个案，但是从监管者的角度，接下来肯定会加大力度。国税总局为落实《深化国税、地税征管体制改革方案》关于“制定针对高风险纳税人定向稽查制度”和“建立健全案源管理制度”的要求，已经公布的《税务稽查案源管理办法（试行）》，在今年7月1日已经开始施行。其要求，统筹协调指导各地税务、公安机关行动，集中力量查处一批重大虚开案件。